Որոտան գետը Հայաստանի խոշոր ջրային ճանապարհն է, որը հոսում է Սյունիքի մարզով և հանդիսանում է ոռոգման և հիդրոէլեկտրակայանների կարևոր աղբյուր։ Սակայն գետը բախվում է նաև բնապահպանական մի շարք խնդիրների, որոնք սպառնում են նրա առողջությանը և նրանից կախված համայնքների բարեկեցությանը։
Որոտան գետի վրա ազդող հիմնական բնապահպանական խնդիրներից մեկը աղտոտվածությունն է։ Գետի երկայնքով արդյունաբերական և գյուղատնտեսական գործունեությունը, ինչպես նաև մարդկանց բնակավայրերը հանգեցրել են տարբեր աղտոտիչների՝ ներառյալ քիմիական նյութերի, ծանր մետաղների և կոյուղաջրերի արտանետմանը: Այս աղտոտումը կարող է վնասել ջրային կյանքին, ինչպես նաև ջուրը դարձնել վտանգավոր մարդկանց սպառման համար:
Որոտան գետի առջեւ ծառացած մյուս խնդիրը նրա բնական միջավայրերի ոչնչացումն է։ Մարդկային գործունեությունը, ինչպիսիք են անտառահատումները, գերարածեցումը և պատնեշները, զգալիորեն փոխել են գետի էկոհամակարգը: Այս փոփոխությունները բացասաբար են ազդել ձկների պոպուլյացիայի և այլ ջրային օրգանիզմների վրա՝ հանգեցնելով կենսաբազմազանության կորստի:
Ջրի սակավությունը նույնպես հրատապ խնդիր է Որոտան գետի ավազանում: Կլիմայի փոփոխության և ջրի պահանջարկի ավելացման պատճառով գետի հոսքը կրճատվել է վերջին տարիներին, ինչը հանգեցրել է ջրի սակավության և գետի ջրային ռեսուրսների տարբեր օգտագործողների միջև կոնֆլիկտների:
Վերջապես, գետի երկայնքով հիդրոէլեկտրակայանների զարգացումը նույնպես էական ազդեցություն է ունեցել շրջակա միջավայրի վրա: Թեև այս կառույցներն ապահովում են վերականգնվող էներգիա, դրանք կարող են նաև խաթարել գետի բնական հոսքը և վնասել ձկների պոպուլյացիաներին: Բացի այդ, այդ օբյեկտների կառուցումն ու շահագործումը կարող է հանգեցնել հողի էրոզիայի և բնապահպանական այլ խնդիրների:
Ընդհանուր առմամբ, Որոտան գետի առջև ծառացած բնապահպանական խնդիրները բարդ են և փոխկապակցված: Այս խնդիրների լուծումը կպահանջի տեղական համայնքների, պետական կառույցների և այլ շահագրգիռ կողմերի համակարգված ջանքերը՝ խթանելու գետի ռեսուրսների կայուն օգտագործումը և նրա առողջությունը ապագա սերունդների համար: